Mehmed Alagić je po izbijanju agresije bio u sastavu 17. krajiške brigade, kada postaje komandant Operativne grupe Bosanska krajina. Nakon kratkog vremena postaje komandant 3. korpusa Armije BiH, no na toj dužnosti ostaje kratko jer je na njegovu inicijativu formiran Sedmi korpus Armije BiH, čiji postaje komandant.Jedan od najvećih ratnih uspjeha generala Alagića je bilo uspješno oslobađanje planine Vlašić. Dana 23. marta 1995. godine u sadejstvu sa jedinicama Trećeg i Prvog korpusa u operaciji Domet 1 oslobođen je najviši vrh Vlašića.
Jedinice pod komandom generala Alagića su također učestvovale u oslobađanju Kupresa, Donjeg Vakufa i Sanskog Mosta.
Nakon završetka rata, na vlastiti zahtjev je penzionisan i postao je prvi posljeratni gradonačelnik općine Sanski Most. Odlukom tadašnjeg visokog predstavnika Carlosa Westendorpa smijenjen u julu 1999. godine.
“Nije problem načelnik Alagić, nego general Alagić”, kazao je tada visoki predstavnik Westendorp.
Iako je sam govorio da bi se dobrovoljno javio na suđenje pa i ono u Hagu, uhapšen je, prema mnogima na način kakav nije dolikovao jednom generalu Armije BiH, 2. augusta 2001. godine sa čarapom na glavi i lisicama na rukama.
“Umrijet ću zbog ove čarape na glavi i lisica na rukama, neću zbog haške optužnice”, kazao je tada Alagić.
Govorio je kako je “kriv što nije poginuo na vrijeme”.
“Nisam znao ostaviti kosti na Vlašiću, jer samo su mrtvi heroji na cijeni. Žive treba zgaziti. Kriv sam što nisam poginuo na vrijeme, pa me sad ovako ubijaju godinama”, riječi su slavnog generala.
Nakon što je pušten iz Haga, da se brani sa slobode, tadašnjoj glavnoj haškoj tužiteljici Carli del Ponte poručio je: “Gospođo, ovdje me više nikada nećete vidjeti”. Nepune dvije godine umro je od zatajenja srca.
“General Alagić nije umro od srca, nego od nepravde”, kazao je nakon smrti Generala prvi predsjedavajući predsjedništva RBiH Alija Izetbegović. Dženaza generalu Alagiću je klanjana u rodnim Fajtovcima u blizini Sanskog Mosta pred oko 20.000 ljudi.Odlukom Skupštine Kantona Sarajevo u maju 2022. godine odlučeno je da će jedna od ulica u sarajevskom naselju Nova Otoka nositi ime po generalu Mehmedu Alagiću.
